* Różne formaty wkładów: DS i 3DS używają różnych formatów wkładów. Kaseta 3DS jest fizycznie mniejsza i ma inne styki do podłączenia do systemu.
* Niekompatybilność oprogramowania: Nawet jeśli mógłbyś fizycznie zmieścić kasetę z grą DS w 3DS, oprogramowanie systemu 3DS by jej nie rozpoznało. 3DS jest przeznaczony do uruchamiania gier 3DS, a nie gier DS.
Jak grać w gry DS na 3DS:
* Konsola wirtualna: Konsola 3DS posiada funkcję „konsoli wirtualnej”, która umożliwia cyfrowe pobieranie i granie w klasyczne gry DS. Te gry można kupić w sklepie Nintendo eShop i można w nie grać na urządzeniu 3DS.
* Tryb DSi: Niektóre modele 3DS mają „tryb DSi”, który umożliwia bezpośrednie granie w gry DS. Ten tryb zapewnia przede wszystkim kompatybilność ze starszymi grami DS i nie obejmuje ulepszonych funkcji 3DS.
Uwaga: Nie można włożyć fizycznej kasety DS do 3DS. W tym sensie 3DS nie jest wstecznie kompatybilny z kartridżami DS.