Game Boy Advance ma inne gniazdo na kasetę i wykorzystuje inny procesor niż oryginalny Game Boy. Chociaż istnieje kilka wyjątków (takich jak Game Boy Color, który jest kompatybilny z Game Boy Advance), Gry na Game Boy nie są kompatybilne z Game Boy Advance.
Można jednak grać w gry Game Boy i Game Boy Color na Game Boy Advance SP za pomocą odtwarzacza Game Boy dodatek do Nintendo GameCube.